| Los acontecimientos de 1714, supusieron la destrucción de la zona donde se encontraba, para poder construir la Ciudadela. El ayuntamiento indemnizo con 5.300 libras a Desvilar, lo que le permitió comprar una finca del marqués de Sentmenat, junto a su palacete en la Riera de Sant Joan y construir su albergue de peregrinos. |
| La primera piedra de la Iglesia anexa al albergue, fue colocada el 4 de mayo de 1735, se construyó en estilo barroco fue proyectada por el escultor y arquitecto Carles Grau, con un equilibrio llamativo en la fachada, en el que predominaba una hornacina en la que aparecía entronizada cincelada en piedra, la imagen de Santa Marta, un rosetón completaba el frontis rematado con varios jarrones de piedra. El interior sobrio, tenía una gran cúpula central, que iluminaba toda la nave. El altar mayor estaba enmarcado entre columnas, fue inaugurada en 1752. |
| La única condición que puso la familia Sentmenat, cuyo palacete estaba construido al lado de los terrenos de la futura iglesia fue a cambio de vender el solar, le construyeran una tribuna, que les permitiera seguir la celebración de los actos religiosos que se celebrasen, sin necesidad de bajar a la calle y poder así seguirlos desde su casa. |
| La iglesia estaba regida por la Congregación de Esclavos del Santo Cristo de la Aflicción, que cuidaba del culto y también de su mantenimiento. El Gremio de Hosteleros de la ciudad, celebraba los actos religiosos y honraba a su patrona. |
Con el plan de la reforma de comienzos del siglo XX, que consistía en abrir una vía para poder llegar al puerto desde el ensanche de una manera rápida, se decidió derribar una serie de calles y edificios para poder urbanizar la Vía Layetana, una de las calles que se vio afectada fue la Riera de San Juan, lo que significó el derribó de la iglesia, del que se salvó a instancias del ayuntamiento, la puerta de entrada de estilo barroco, fue desmontada en 1911, la cual fue colocada en el pabellón destinado a comedor (actualmente cerrado por restauración), del Hospital de la Santa Cruz y San Pablo, que en aquellos momentos se estaba construyendo a las afueras de la ciudad.
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En septiembre de 1921, el ayuntamiento por iniciativa de la Comisión de Cultura, acordó se investigase el subsuelo do la derruida iglesia de Santa Marta, para determinar la naturaleza de ciertos restos encontrados da antiguas .construcciones. Los trabajos fueron realizados bajo la dirección del .arquitecto de la Reforma y del director de la oficina de Investigaciones Históricas del Archivo Municipal, que pusieron al descubierto parte de unas ruinas romanas, confiando que se proseguiría investigando para conocer la historia primitiva, de Barcelona.
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El estudio realizado llegó a la conclusión que cuando se construyeron los cimientos de la iglesia, ya se conoció la existencia de dichas ruinas: encontrando paredes, sepultadas y tilos, realizándose entonces un minucioso estudio de ello. Esta anotación documental fue comprobada al hacerse la gran excavación central de la Vía Layetana, pero las condiciones de trabajo de aquella obra, no permitía las observaciones que el caso requería.
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El estudio realizado por el arquitecto de la Reforma y el director de Investigaciones históricas llegaron a la conclusión: que pese a encontrar el fragmento de mosaico blanco y negro que el memorial de Santa Marta, indicaba y las sepultaras de tejas planas que se suponía existían debajo del crucero di: la iglesia, además de otros vestigios igualmente interesantes. La investigación actual no permita indicar con exactitud la naturaleza do las ruinas descubiertas, aunque todos los indicios daban a suponer que pertenecían a una necrópolis de técnica romana
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